Carlos José Tissera nació el 10 de septiembre de 1951 en Río Cuarto, provincia de Córdoba. A los 14 años ingresó al Seminario de su ciudad natal. Al concluir el ciclo Humanidades, pasó al Seminario Mayor “Nuestra Señora de Loreto” de la ciudad de Córdoba, donde cursó Filosofía. Luego, completó su formación en la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Católica Argentina “Santa María de los Buenos Aires”.

El 7 de abril de 1978 fue ordenado sacerdote por el entonces obispo de Río Cuarto, Moisés Julio Blanchoud. Fue vice párroco del santuario del Señor de la Buena Muerte, en la localidad de Reducción, y en 1981 fue párroco de Nuestra Señora de la Merced, en la localidad de Adelia María. En 1983 fue designado superior y director espiritual del Seminario Mayor “Jesús Buen Pastor”, cargo que desempeñó durante nueve años. Desde 1992 fue párroco de la catedral “Inmaculada Concepción”, de Río Cuarto. Al mismo tiempo, se desempeñó como miembro del Consejo Presbiteral, miembro del Colegio de Consultores Diocesanos, y miembro del Equipo de Acompañamiento Sacerdotal, además de ser el coordinador del Equipo de Formación Permanente de los presbíteros.

El 16 de noviembre de 2004 el Papa Juan Pablo II lo designó obispo de la Diócesis de San Francisco, Córdoba. Es así que el 6 de febrero de 2005 —en la iglesia San Francisco Solano de Río Cuarto, y teniendo como lema episcopal «En tu Palabras echaré las redes»— fue consagrado obispo por Ramón Artemio Staffolani, obispo de Río Cuarto, junto con los co-consagrantes Moisés Julio Blanchoud, arzobispo emérito de Salta, y Mario Aurelio Poli, obispo auxiliar de Buenos Aires. Tres semanas después, el 27 de febrero, tomó posesión de la Diócesis de San Francisco.

El 12 de octubre de 2011 el Papa Benedicto XVI lo nombró obispo de Quilmes, para suceder al obispo Luis Stöckler, quien había presentado su renuncia al Santo Padre al cumplir los 75 años de edad, tal como lo establece el Código de Derecho Canónico.

El Padre Obispo Tissera tomó posesión como obispo de la Diócesis de Quilmes el 17 de diciembre, es una ceremonia realizada en la Catedral de Quilmes, frente a una incontable cantidad de personas que se acercaron para darle la bienvenida.

En la Conferencia Episcopal Argentina fue miembro de la Comisión Episcopal de Ministerios y delegado suplente de la Región Pastoral Centro; también fue miembro de la Comisión Episcopal para Cáritas y delegado nacional para la Pastoral de Juventud.

Actualmente es presidente de la Comisión Episcopal para Cáritas Argentina. Además, desde el 17 de agosto de 2016 es el co-presidente del Movimiento Ecuménico por los Derechos Humanos (MEDH).